武汉工程大学校医院是经武汉市卫健委批准注册的非营利性医疗机构，在两校区分别设置洪山区卓刀泉街工程大学社区卫生服务站和流芳校区门诊部。
校医院现有工作人员 55 人，其中卫生专业技术人员52人，高级职称10人，中级职称34人。校医院开设有全科、内科、外科、妇科、儿科、五官科、口腔科、急诊科、理疗室等科室；有放射科、检验科、 B 超室、心电图室等辅助科室。拥有自动生化分析仪、全自动血球分析仪、糖化血红蛋白分析仪、数字化摄影机（DR）、彩超机、12导联心电图仪、长程血压仪、激光治疗仪、牙科综合治疗仪、除颤仪、心电监护仪、自动灭菌消毒仪等医疗设备。
校医院担负着全校师生的日常医疗、预防保健、公费医疗管理、传染病管理、各项体检等工作，同时还承担了居民健康档案及妇幼健康管理、慢性病患者及老年人健康管理、传染病及突发公共卫生事件管理、中医药健康管理服务、健康教育及健康素养促进、严重精神障碍患者及残疾人管理等社区公共卫生服务工作。
校医院近年来在抓医院硬件建设的同时，更注重医疗管理，健全和完善了医院各项规章制度及各类医务人员岗位职责，确立了“加强医疗管理、注重医德医风、提高医疗质量、服务师生员工”的二十四字工作目标，推动了校医院各方面工作向前迈进。
