武汉工程大学医院是校直属单位，是武汉市卫生局注册的非营利性医疗机构，由于我校是一校两区格局、武昌主校区设有校医院，流芳新校区设有门诊部，以方便全校师生员工的日常医疗就诊需要。同时校计生办设在校医院合署办公。
校医院现有工作人员 50 人（在编职工 40 人，外聘人员 10 人）。其中卫生技术人员 46 人，有主 任 医师 3 人，付主 任 医师 6 人，中级职称人员 23 人。校医院现有内科、外科、五官科、妇科、儿科、口腔科、中医科、预防保健科、理疗室等科室；还有放射科、检验科、 B 超室、心电图室等辅助科室；设有中、西药房；医院还设有 30 余张床位的观察病房。
校医院和流芳校区门诊部共有建筑面积 2500M 2 。 各项医疗卫生设备的固定资产达 150 万元。其中放射科配有 X 光电视透视设备、 X 光拍片机、自动洗片机各两套；检验科配有半自动生化仪 3 台，全自动血分仪 2 台，酶标仪 1 台，尿分仪 2 台以及其他检验设备； B 超室配有 B 超机 2 台；心电图室配有进口心电图机 2 台；五官科配有眼科裂隙灯、五官检查灯等设备；康复理疗科配有颈、腰椎全自动牵引装置，中频治疗仪，超短波治疗仪等多台；口腔科配有 2 台牙科综合治疗仪；消毒供应室配有 2 台新式的自动灭菌消毒仪；内科配有心电监护仪；外科有小手术设备及激光治疗仪；妇科配有乳腺电透仪。设备能满足临床诊断与治疗的基本需要。
校医院担负着全校的日常医疗、预防保健、公费医疗管理、各项体检、计划生育等工作 , 同时还承担了社区公共卫生服务工作，及配合学工部参与大学生心理咨询中心工作。
校医院近年来在抓医院硬件改善的同时，更注重医疗管理，健全和完善了医院各项规章制度及各类医务人员岗位职责，尤其是通过卫生系统“医疗管理年”活动以及保持共产党先进性教育活动，确立了“加强医疗管理、注重医德医风、提高医疗质量、服务师生员工”的二十四字工作目标，推动了校医院各方面工作向前迈进。
近年来校医院获得了多项荣誉，计划生育工作连续四年获得红旗单位称号，妇女保健工作连续五年评为洪山区卫生系统先进单位，结核病防治工作也多次受到区卫生系统表彰。
